マイクロ波殺菌装置はパルス変調されたマイクロ波を用いて殺菌試験を行うことができ、小さな温度上昇で殺菌の目的を達成することができる。これはマイクロ波殺菌が熱殺菌だけでなく、非熱致死細菌の能力があることを示しており、これがいわゆる非熱効果である。この原理によれば、従来のマイクロ波場のエネルギー密度の数倍または数十倍以上のパルスマイクロ波エネルギーを極めて短時間で採用することができ、細菌を確実に殺すことができるだけでなく、薬品の温度上昇を大幅に低減し、設備のエネルギー消費を低減することができる。

マイクロ波殺菌装置の主な特徴は：

1、殺菌速度が速く、材料の内外同時に殺菌する。

2、殺菌は徹底的に防腐を必要とせず、長期保存はカビが生えず、栄養が失われず、元の色、香り、味を維持する。

3、他の設備より殺菌時間を50%、他の電気設備より40%節約する。

4、マイクロ波設備は体積が小さく敷地面積が少なく、メンテナンス操作が便利であることは現在理想的な殺菌設備である。